由于原子力顯微鏡獨特的成像方式，使得它在科學研究工作中，如金屬、半導體材料、微電子、物理、化學、生物，納米材料、生命科學等眾多科學領域中得到迅速的發展和應用。但對生物樣品的觀測還處在比較初級階段的水平上。

但近年來，國內外研究表明：AFM原子力顯微鏡在生物醫學研究中的應用具有很大潛力。如果我們將細胞學、免疫學、生物化學、分子牛物學、生物物理學等與原子力顯微鏡技術有機地結合起來，將AFM原子力顯微鏡和其他儀器設備(如透射電子顯微鏡、激光共聚焦顯微鏡、生物質譜、核磁共振、X晶體衍射等)結合起來，相互補允、取長補短，一定會獲得很好的研究結果。

當然原子力顯微鏡也還有許多問題尚未解決。如生物軟樣品分辨率的提高、生物標本的固定、功能化探針的制備等。盡管如此，可以相信，隨著AFM原子力顯微鏡技術的逐漸成熟，它將對生命科學的發展做出蘑大的貢獻。