原子力顯微鏡也存在一些局限性。首先,其針尖是錐形的,使用一段時間后會變鈍、尖部增寬,導致分辨率下降。在觀察標本后針尖會被標本污染,再次使用需要清洗。并且針尖會對生物樣本造成損傷。其次,在觀察液態標本時,由于表面張力和靜電斥力等因素會產生干擾信息,使得分辨率下降。

在新世紀的醫學行程中我們看到，人類面臨著疾病的威脅遠遠不能達到理想的征服水平，還B須向更深一步的微觀世界進行探索。納米科技研究的重要儀器AFM原子力顯微鏡的微觀表現和操縱技術將給醫學帶來變革。對原子力顯微鏡進一步改進的同時我們應該看到：用AFM原子力顯微鏡一旦開展工作，帶動一批研究項目，如細胞的一系列分子生物學研究(DNA、膜、離子通道、受休、基因、細胞因子等)，提高醫學基礎科研水平，為臨床發展提供動力和線索:能夠解決臨床上的一些疑難的疾病診斷和鑒別診斷等問題，為指導治療提供依據和思路。如果我們將細胞學、免疫學、分子生物學、生物物理學等與原子力顯微鏡技術有機地結合起來，將AFM原子力顯微鏡和其他儀器設備(如透射電子顯微鏡、掃描電子顯微鏡、激光共聚焦掃描顯微鏡、生物質譜、核磁共振、X射線晶體衍射等)有機地結合起來，相互補充、取長補短，一定會獲得很好的研究結果。應用原子力顯微鏡這一把微觀世界的鑰匙，打開醫學奧妙大門的日子已經離我們越來越近了。