接觸模式：

優點：掃描速度快，是唯Y能夠獲得“原子分辨率”圖像的原子力顯微鏡垂直方向上有明顯變化的質硬樣品，有時更適于用接觸模式掃描成像。

缺點：橫向力影響圖像質量。在空氣中，因為樣品表面吸附液層的毛細作用，使針尖與樣品之間的粘著力很大。橫向力與粘著力的合力導致圖像空間分辨率降低，而且針尖刮擦樣品會損壞軟質樣品(如生物樣品，聚合體等)。

非接觸模式：

優點：沒有力作用于樣品表面。

缺點：由于針尖與樣品分離，橫向分辨率低;為了避免接觸吸附層而導致針尖膠粘，其掃描速度低于輕敲模式和接觸模式原子力顯微鏡。通常僅用于非常怕水的樣品，吸附液層B須薄，如果太厚，針尖會陷入液層，引起反饋不穩，刮擦樣品。由于上述缺點，非接觸模式的使用受到限制。

輕敲模式：

優點：很好的消除了橫向力的影響。降低了由吸附液層引起的力，圖像分辨率高，適于觀測軟、易碎、或膠粘性樣品，不會損傷其表面。

缺點：比接觸模式原子力顯微鏡的掃描速度慢。